在延续传统学科架构的同时，计算机系根据计算机学科本身的发展以及社会需求,通过人才引进和师资构成，逐步发展为七个研究所，分别是：

• 并行与分布计算
• 高可靠软件与理论
• 计算机体系结构
• 计算机应用
• 密码与信息安全
• 网络与服务计算
• 智能人机交互