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杨 旸 副教授

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实验室: 智能计算与智能系统重点实验室

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生物医学图像处理,生物序列的语言学建模,机器学习算法

2003/09 2009/06,上海交通大学,计算机软件与理论,硕博连读,工学博士

2007/09 – 2009/02,美国加州大学河滨分校,联合培养博士生

1999/09 2003/06,上海交通大学,计算机科学与技术,学士





2014/02 - 至今,上海交通大学,计算机科学与工程系

2012/10 - 2013/10,美国加州大学河滨分校,计算机科学与工程系,访问学者

2009/07 - 2014/02,上海海事大学,信息工程学院



2014春 算法基础

2014秋 离散数学 程序设计思想与方法

2015春 机器学习(研究生) 

2016春 机器学习(研究生、IEEE班)

2017春 机器学习(研究生、IEEE班)

Selected Publications


  •  Zhen Cao#, Xiaoyong Pan#, Yang Yang#, Hong-Bin Shen, “The lncLocator: a subcellular localization predictor for long non-coding RNAs based on a stacked ensemble classifier", Bioinformatics, 2018
  • Yang Yang, Yiqun Xiao, Tianyu Cao and Wei Kong, “MiRFFS: a functional group-based feature selection method for the identification of microRNA biomarkers”, Int. J. Data Mining and Bioinformatics, vol. 18(1), 2017
  • Hang Zhou#, Yang Yang#, and Hong-Bin Shen, “Hum-mPLoc 3.0: Prediction enhancement of human protein subcellular localization through modeling the hidden correlations of gene ontology and functional domain features,” Bioinformatics, 2016
  • Yang Yang, Zhichen Wu and Wei Kong, ”Improving clustering of microRNA microarray data by incorporating functional similarity”, Current Bioinformatics,2016,11(999)
  • Yang Yang, Ning Huang, Luning Hao and Wei Kong, “A clustering-based approach for the identification of microRNA combinatorial biomarkers”, BMC Genomics, 2017, 18(s2)
  • Yang Yang, Zhuangdi Xu and Dandan Song, “Missing value imputation for microRNA expression data by using a GO-based similarity measure”, BMC bioinformatics, 2016,17(1):10
  • James Wong, Lei Gao, Yang Yang, Wenbo Ma, et al., “Roles of small RNAs in soybean defense against Phytophthora sojae infection,” The Plant Journal , 2014, doi: 10.1111/tpj.12590
  • Yang Yang and Sihui Qi, “A new feature selection method for computational prediction of type III secreted effectors”, International Journal of Data Mining and Bioinformatics,  vol. 10, no. 4, 2014.
  • Yang Yang, Jiayuan Zhao, Robyn L. Morgan, Wenbo Ma, Tao Jiang, “Computational prediction of type III secreted proteins from gram-negative bacteria,” BMC Bioinformatics, 2010, 11(S1):S47
  • Yang Yang and Bao-Liang Lu, “Protein subcellular multi-localization prediction using a min-max modular support vector machine,” International Journal of Neural Systems, vol. 20, No. 1, pp. 13-28, 2010.


  • 国家自然科学基金青年项目,61003093,“革兰氏阴性菌III型分泌系统效应蛋白的计算  预测研究”,主持;
  • 上海市自然科学基金(探索类)“探索可靠筛选microRNA生物标志物的途径与方法” (No. 16ZR1448700), 主持;
  • 教育部留学回国人员科研启动基金,“植物防御反应中转录与转录后协同调控网络研究”,主持;
  • 上海交通大学新教师科研启动基金,“用于癌症早期诊断与转移类型识别的肿瘤标志物甄选与作用机理研究”,主持;
  • 上海高校选拔培养优秀青年教师科研专项基金资助项目,“基于机器学习方法的蛋白质分类研究”,主持;
  • 国家自然科学基金面上项目,61671288,“基于分子显微图像复杂模式理解的蛋白质亚细胞定位及位置动态转移检测研究”,第二负责人;
  • 上海市2017年度“科技创新行动计划”基础研究领域项目,17JC1403500, “面向蛋白质设计的关键生物计算理论与方法研究”,第二负责人;
  • 上海市2016年度“科技创新行动计划”基础研究领域项目,16JC1404300,基于生物信息学的复杂代谢调控网络建模与动力学分析,第二负责人;
  • 国家重点研发计划“扁平材全流程智能化制备关键技术”(2017),2017YFB0304102,科研骨干。







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